April O'Neil terlempar ke Jepang abad ke-17! Tanpa pikir panjang, Leonardo, Donatello, Michelangelo, dan Raphael menggunakan tongkat ajaib untuk menyusulnya. Terjebak di tengah perang samurai, kura-kura ninja ini harus menyelamatkan April dan mencegah konflik merambat ke New York masa kini.