Di tengah kegelapan New York, kura-kura ninja pahlawan tetap tak dikenal, sementara Vernon mencuri pujian atas kekalahan Shredder. April O’Neil menemukan rencana jahat ilmuwan Baxter Stockman untuk membebaskan Shredder, tetapi upaya penyelamatan kura-kura gagal. Shredder malah terlempar ke dimensi lain dan bertemu Krang, panglima perang yang memberinya mutagen untuk mengubah dua penjahat, Rocksteady dan Bebop, menjadi mutan kuat. Bersama Foot Clan, mereka berburu perangkat teleportasi rahasia. April, yang menyaksikan transformasi itu, dikejar-kejar hingga diselamatkan oleh Casey Jones. Saat mutagen jatuh ke tangan polisi, April dan Casey berusaha mengambilnya—tetapi malah ditangkap. Sementara itu, Donatello menemukan rahasia mengejutkan: mutagen bisa mengubah mereka menjadi manusia. Namun, rahasia ini memicu ketegangan di antara kura-kura. Bisakah mereka bersatu sebelum Shredder dan Krang menghancurkan segalanya?
