Setelah mengalahkan musuh bebuyutan mereka, Shredder, kura-kura ninja terpecah belah. Leonardo pergi berlatih, sementara Raphael memberontak, dan Donatello serta Michelangelo mencoba hidup normal. Tapi ketika makhluk purba bangkit mengancam New York, mereka harus bersatu kembali di bawah bimbingan Master Splinter. Dengan aksi seru dan humor khas, bisakah mereka menghentikan kehancuran dunia sebelum terlambat? Pertarungan terbesar mereka belum berakhir!