Di bawah kota Cheesebridge, hidup komunitas Boxtrolls yang unik dan penuh keajaiban, termasuk Eggs, anak manusia yang mereka besarkan. Namun, ancaman datang dari Archibald Snatcher, pembasmi keji yang berambisi menghancurkan mereka. Bersama Winnie, gadis pemberani, Eggs memutuskan melawan dari dunia atas tanah.
