Sebuah pesawat alien raksasa dengan kekuatan tak terkira menghancurkan tiga kapal perang Klingon dan bergerak menuju wilayah Federasi. Laksamana James T. Kirk diperintahkan untuk memimpin kembali USS Enterprise setelah lama absen dari misi antariksa. Ketika stasiun luar angkasa Epsilon IX hancur, Enterprise menjadi satu-satunya harapan untuk menghentikan ancaman ini. Kirk mengumpulkan kru lamanya dan merekrut anggota baru, tetapi bisakah ia menghadapi tantangan ini setelah tiga tahun jauh dari medan perang antarbintang?