Setelah Magneto dikurung, Nightcrawler nyaris membunuh Presiden AS, memicu gelombang anti-mutan. Sementara Logan mencari masa lalunya, ilmuwan jahat William Stryker menyerang sekolah Profesor X. Logan, Rogue, dan Iceman harus bersekutu dengan musuh bebuyutan mereka, Magneto, untuk menyelamatkan sang profesor.
