Setelah pengorbanan terbesar Spock, Kirk dan kru kembali ke Bumi untuk memperbaiki kapal mereka. Namun, mereka terkejut saat akan dinonaktifkan, Dr. McCoy bertingkah aneh, dan Scotty dipindahkan ke kapal lain. Kirk memutuskan mencuri kembali dan terbang ke Planet Genesis untuk menyelamatkan Spock. Tapi bahaya mengintai: Klingon mengincar rahasia untuk tujuan mematikan. Akankah Kirk berhasil membawa Spock pulang?