Di tengah reruntuhan pembangkit nuklir Janjira yang hancur misterius pada 1999, Joe Brody—seorang ahli yang kehilangan segalanya—terus mencari kebenaran. Bertahun kemudian, putranya, Ford, seorang perwira Angkatan Laut, terpaksa menyusuri jejak ayahnya yang terasing. Apa yang mereka temukan bukan hanya rahasia kelam di balik bencana itu, tapi juga kebangkitan makhluk purba yang mengancam umat manusia. Saat ancaman kedua muncul dari kegelapan, satu-satunya harapan mungkin justru datang dari sang raja monster: Godzilla. Namun, bisakah manusia mempercayai sekutu yang sama menghancurkannya?
