Mothra kembali ke Tokyo dengan peringatan mengerikan: kembalikan tulang Godzilla dan Mechagodzilla ke laut, atau hadapi malapetaka. Namun, manusia menolak, karena Mechagodzilla adalah satu-satunya senjata melawan Godzilla yang kembali mengamuk. Saat pertempuran epik meletus, Tokyo menjadi medan perang bagi makhluk legendaris ini. Bisakah manusia bertahan ketika dua kekuatan alam saling menghancurkan? Ataukah mereka telah mengundang kiamat sendiri?
