Tahun 2027, pasca Perang Dunia IV, ledakan bom membunuh pedagang senjata yang terkait organisasi misterius "501". Motoko Kusanagi, hacker dengan tubuh cybernetic, dikirim untuk mengungkap konspirasi ini. Di balik teknologi canggih, pertarungan antara manusia, mesin, dan identitas pun dimulai.