Ketika formula rahasia Krabby Patty hilang, Bikini Bottom kacau dan SpongeBob dituduh mencurinya! Bersaing dengan Plankton, ia menciptakan mesin waktu untuk mengembalikan formula, melewati dimensi aneh dan bertemu Bubbles, si lumba-lumba penguasa waktu. Tapi ternyata, formula itu palsu! Saat warga marah, SpongeBob dan kawanan naik ke permukaan, berubah jadi pahlawan super untuk melawan bajak laut yang mencuri resep asli. Dengan kekuatan buku ajaib, pertarungan konyol pun dimulai—bisakah SpongeBob menyelamatkan Krabby Patty sebelum terlambat?