Setelah petualangan waktu yang melelahkan, Rintarou mulai merasakan konsekuensi mengerikan dari perjalanan lintas waktu—ia perlahan menghilang dari realitas. Hanya Kurisu yang masih mengingatnya, dan sekarang ia harus berjuang melawan waktu untuk membawa kekasihnya kembali sebelum ia lenyap selamanya. Bisakah Kurisu memutar ulang takdir mereka?