Laksamana Kirk merasa tua dan terjebak dalam rutinitas di Akademi Starfleet, hingga musuh bebuyutannya, Khan Noonien Singh—tiran abad ke-20 yang diasingkan—kembali dengan dendam mematikan. Khan mengincar , senjata pencipta kehidupan yang bisa menjadi alat kehancuran. Dengan yang dikomandani kapten baru, Kirk harus menghadapi ujian terberatnya. Bisakah dia mengalahkan Khan sebelum terlambat, ataukah dendam akan menghancurkan segalanya?