Tahun 2199, Bumi telah hancur oleh serangan bom radiasi dari alien Gamilas, memaksa umat manusia bertahan di bawah tanah. Ketika mantan pilot Susumu Kodai menemukan pesan dari planet Iskandar tentang alat pembersih radiasi, harapan pun muncul. Dengan waktu tinggal 73 hari sebelum kepunahan total, umat manusia membangkitkan legenda—kapal perang Yamato, dilengkapi mesin revolusioner untuk pelayaran epik menyelamatkan Bumi. Namun, perjalanan penuh bahaya menanti, dengan Gamilas siap menghadang. Sanggupkah Yamato mengubah takdir manusia?