Setelah terdampar di pantai dan koma selama tiga hari, Kenshin terbangun di rumah gurunya, Hiko Seijuro. Dengan tekad membara, ia meminta sang master mengajarkan jurus pamungkas Hiten Mitsurugi: Amakakeru Ryu no Hirameki. Sementara itu, di Tokyo, Makoto Shishio memaksa Perdana Menteri Hirobumi Ito untuk mengeksekusi Kenshin secara terbuka—atau seluruh kota akan dibakar. Pertarungan epik antara dendam dan keadilan pun dimulai. Siapkah Kenshin menghadapi takdirnya?