Profesor Shuri, seorang ilmuwan yang mencari Pokémon langka, terjebak dalam dunia misterius setelah membangkitkan Pokémon "Unknown". Putrinya, Mi, yang kesepian, tanpa sengaja mengaktifkan kekuatan Unknown, mengubah rumahnya menjadi Menara Kristal yang mengancam seluruh kota. Unknown menciptakan Entei sebagai sosok ayah untuk Mi, tetapi ketika Mi menginginkan seorang ibu, Entei menculik ibu Ash! Bersama Pikachu dan kawan-kawan, Ash harus menyelamatkan ibunya dan menghentikan kristalisasi yang meluas. Petualangan epik penuh aksi dan emosi ini akan menguji persahabatan mereka! Bisakah Ash mengembalikan segalanya seperti semula?