Ketika eksperimen ilmuwan menciptakan Mewtwo, makhluk legendaris yang penuh amarah, Ash dan kawan-kawan harus menghadapi ancaman terbesar mereka. Dengan kekuatan yang tak tertandingi, Mewtwo bertekad menghancurkan dunia—tapi apakah ada sisi lain dari kisahnya yang belum terungkap? Siapakah yang sebenarnya memegang kunci perdamaian?