Peter Rabbit dan saudari-saudarinya—Flopsy, Mopsy, dan Cotton Tail—serta sepupu mereka, Benjamin, selalu bersenang-senang mengganggu Tuan McGregor di kebun sayurnya. Namun, segalanya berubah ketika Tuan McGregor meninggal dan kerabatnya mengambil alih rumah itu. Pertempuran sengit antara kelinci nakal dan manusia pun dimulai, diperumit oleh cinta yang tumbuh antara McGregor baru dan Bea, pecinta alam. Akankah permusuhan ini berakhir dengan damai, atau malah makin kacau?
