Makoto Yuki, siswa pindahan dengan masa lalu suram, terjebak di "Dark Hour"—dimensi tersembunyi di tengah malam tempat monster Shadows berkeliaran. Dengan senjata bernama Evoker dan kekuatan Persona, ia harus memimpin teman-temannya melawan ancaman dari Menara Tartarus. Tapi apakah harga menjadi pahlawan adalah kehilangan dirinya sendiri?