Natsume, pemuda yang bisa melihat yokai, terus berusaha mengembalikan nama-nama dalam buku warisan neneknya. Ketika ia bertemu kembali dengan teman lama dan keluarga misterius yang mengenal neneknya, kedamaian seolah terasa dekat. Namun, benih yokai aneh tumbuh di taman, membelah Nyanko Sensei menjadi tiga, dan mengancam keseimbangan dunia. Dengan masa lalu yang kembali menghantui, bisakah Natsume melindungi orang-orang yang ia sayangi sebelum semuanya hancur?