Setelah lolos dari serangan mematikan, Rune Balot menemukan perlindungan sementara di laboratorium canggih tempat protokol Scramble 09 diciptakan. Namun, kedamaian itu palsu—kekuatan jahat masih memburunya, dan waktu Rune semakin menipis. Dengan plot sci-fi yang menegangkan dan visual memukau, sekuel ini membawa petualangan Rune ke level baru.