Kubo, anak pemberani dengan kecapi ajaib, terpaksa melarikan diri ketika dendam kuno membangkitkan dewa dan monster dari masa lalunya. Untuk bertahan, ia harus menemukan baju zirah legendaris milik ayahnya, seorang samurai perkasa. Dengan teman setia di sisinya, Kubo menjelajahi dunia penuh sihir dan bahaya. Bisakah ia mengalahkan takdirnya sebelum terlambat?