Godzilla kembali meneror Jepang, tetapi kali ini, manusia punya senjata baru: , alat pembuat lubang hitam buatan! Namun, uji coba alat itu justru memunculkan telur-telur misterius di Shibuya yang menetas menjadi Meganurons—makhluk pemakan energi. Mereka berevolusi menjadi Megaguirus, monster raksasa yang mengincar energi Godzilla! Pertarungan tiga arah yang spektakuler antara Godzilla, Megaguirus, dan manusia pun tak terhindarkan. Siapa yang akan bertahan?
