Penjelajah waktu dari abad ke-23 datang dengan peringatan mengerikan: Godzilla akan menghancurkan Jepang di masa depan. Tapi rencana mereka ternyata lebih jahat—menghapus Godzilla dari sejarah dan menggantikannya dengan King Ghidorah, monster buatan yang siap meluluhlantakkan negeri. Saat kebenaran terungkap, hanya satu harapan tersisa: Godzilla sendiri. Siapa yang akan bertahan dalam pertarungan epik ini?