Setelah kekalahan telak dari Godzilla Earth, Haruo Sakaki dan sekutunya bertemu dengan suku asli misterius keturunan manusia yang tertinggal di Bumi 20.000 tahun lalu. Mereka menemukan benteng mekanik seukuran kota yang terbentuk dari senjata anti-Godzilla yang hilang, Mechagodzilla. Dengan harapan terakhir umat manusia di ujung tanduk, bisakah mereka mengalahkan sang raja monster sebelum segalanya hancur?