Setelah misi sukses di Pakistan, tim G.I. Joe dikhianati dan nyaris punah dalam serangan mendadak. Roadblock, Lady Jaye, dan Flint selamat—dan mereka tahu ada yang salah di Gedung Putih. Saat Zartan menyamar sebagai Presiden dan Cobra Commander melancarkan rencana untuk menguasai dunia dengan senjata orbit, para pahlawan ini harus bersekutu dengan legenda ninja, Snake Eyes, untuk mengungkap kebenaran. Waktunya hampir habis: bisakah mereka menghentikan Cobra sebelum seluruh dunia jatuh?
