Tahun 2065, Bumi dikepung oleh alien phantom yang mematikan. Dr. Aki Ross, terinfeksi partikel alien, berburu rahasia mereka sebelum terlambat. Dibantu tim militer Deep Eyes, ia bertarung melawan waktu—sementara Jenderal Hein bersiap menghancurkan Bumi demi kemenangan. Akankah Aki menemukan jawaban sebelum semuanya musnah?