Shinji Ikari terbangun setelah 14 tahun tertidur, dunia yang dikenalnya telah hancur. Sekarang, dia terjebak dalam pertempuran antara manusia dan mantan sekutu, sementara Misato memimpin kelompok pemberontak melawan Nerv. Dengan identitas baru dan musuh yang tak terduga, apakah Shinji bisa memperbaiki kesalahan masa lalu—atau justru memperburuk segalanya?