Seorang penembak misterius bernama El Topo, yang mengaku sebagai Tuhan, memulai perjalanan penuh darah dan mistis di gurun bersama putranya yang berusia enam tahun. Dengan simbol-simbol Barat dan Timur yang saling bertabrakan, ia membalas dendam atas pembantaian sebuah desa, lalu mengambil paksa Mara, kekasih pemimpin bandit. Perjalanannya yang surreal dipenuhi kekerasan, seks, dan refleksi diri, mengungkap setan-setan dalam jiwanya sendiri. Siapakah El Topo sebenarnya—pembunuh atau nabi?