Craig Schwartz, seorang pemain boneka yang frustasi, menemukan pintu misterius di kantornya yang mengarah langsung ke pikiran aktor John Malkovich. Bersama istrinya, Lotte, dan rekan kerjanya, Maxine, Craig menjelajahi pengalaman aneh ini—hingga mereka menyadari bisa mengendalikan Malkovich sepenuhnya. Fantasi berubah jadi obsesi, cinta jadi permainan, dan identitas pun kabur. Apa yang terjadi jika Malkovich sendiri mencoba masuk ke pikirannya sendiri?
