Di tengah hutan ajaib, hidup Thumbelina, peri mungil bersahabat dengan Twillerbee yang memiliki kekuatan menyuburkan alam. Namun, kedamaiannya hancur ketika Makena, gadis manja, merusak bunga kesayangannya. Ancaman semakin besar saat perusahaan konstruksi mengincar tanah para Twillerbee. Bisakah Thumbelina, dengan keberanian sebesar biji sesawi, menyelamatkan rumahnya sebelum terlambat?